Vers 565 av. J.-C., les Phocéens chassés d’Asie Mineure par les Perses, fondent Alalia, à l’emplacement actuel d’Aléria. La Corse entre ainsi en contact avec les autres civilisations méditerranéennes, par le commerce notamment. La cité est peuplée de familles d’immigrés grecs. Les autochtones ne viennent en ville que pour commercer mais voient leurs habitations refoulées vers les hauteurs et les forêts. Les Phocéens qui introduisent en Corse la culture de la vigne de l’olivier et du blé, importent amphores et céramiques, développent les arts, la littérature, construisent des édifices en dur entre des rues et des places tracées par des urbanistes, élèvent un temple.
Les Étrusques s’intéressent à l’opulente Alalia puis les Carthaginois s’allient à eux pour la bataille navale de 535 av. J.-C., au large de la cité. Les Phocéens perdent soixante de leurs navires et sont obligés de fuir en masse vers Massilia ou l’Italie. Le comptoir d’Alalia se métisse : des populations étrusques et carthaginoises y cohabitent avec les Grecs.
La présence carthaginoise dans ce comptoir cosmopolite attire plus tard les ambitions de Rome. « À cette époque Aléria se trouvait sur les bords de la mer, comme l'indique Ptolémée, et la bande de dunes, d'environ 2 kilomètres, qui aujourd'hui la sépare du rivage, est due à un continuel sur-exhaussement du sol ». En vérité le rivage était plus près d'une centaine de mètres du village. En attestent les vestiges du port de commerce trouvés au sud du Tavignani à 150 ou 200 mètres de la mer.
Alalia est prise en 259 av. J.-C. et devient Aléria. Après la conquête de l’île, un fort de légionnaires y est établi par Sylla. Auguste promeut la ville au rang de colonie qui devient capitale de la Corse : le procurateur de l’empereur y réside dans un palais.
« La colonie d'Aléria fondée par Sylla, au profit de ses vétérans, comprenait la vaste plaine d'Aléria ; bâtie sur l'emplacement de la colonie phocéenne d'Alalia, près de Rotani, elle se trouvait au centre de la région la plus fertile de l'île et devint un évêché de très bonne heure ».
Le consul Lucius Cornélius Scipion avait vite pris conscience du rôle stratégique occupé par Aléria qui pouvait servir aussi bien de base opérationnelle idéale d'un corps expéditionnaire pouvant en deux jours de marche atteindre l'emplacement actuel de Corte, véritable pivot de la défense intérieure, ou pour se porter rapidement sur toutes les autres villes maritimes.
Avec le temps, Aléria prend des allures romaines, on y trouve un forum romain, un prétoire, des villas, des boutiques, un temple, des thermes romains et des égouts. Pour sept siècles, elle constitue le centre de la forte romanisation de la Corse et un grand port d’exportation de granite, de minerais, d’huile et de liège.
À proximité de la ville les Romains disposent d'un port de guerre situé sur la côte même ou dans l'étang de Diana : Dianæ portus. « Bons cavaliers et bons fantassins, les Corses étaient aussi d'excellents marins. La flotte de Misène avait deux stations dans l'île, l'une à Aléria et l'autre à Mariana. Le commandement de la flottille était exercé par un triérarque des galères », comme l'indique Tacite